POLIMORFISME FRAGMEN DNA CVPDr PADA BEBERAPA JENIS TANAMAN JERUK DI BALI

Oleh : I Gusti Ayu Diah Yuniti
dibuat pada : 2018
Fakultas/Jurusan : Fakultas Pertanian/Ilmu Pertanian

Kata Kunci :
CVPD, fragmen DNA CVPDr, jeruk, polimorfisme

Abstrak :
CVPD merupakan penyakit tanaman jeruk yang disebabkan oleh bakteri L. asiaticus, menyebabkan daun tanaman menguning, kualitas buah menjadi rendah, rasanya masam dan banyak merugikan petani. Fragmen DNA CVPDr berperan dalam ketahanan tanaman jeruk terhadap penyakit CVPD, ditemukan pada tanaman jeruk yang tahan atau relatif tahan terhadap penyakit CVPD yaitu T. trifoliata dan C. aurantifolia var. seedless, akan tetapi fragmen DNA CVPDr ini juga ditemukan pada C. nobilis var. Kintamani yang merupakan tanaman jeruk yang rentan terhadap penyakit CVPD. Semua gen tersebut belum diketahui dengan pasti secara molekuler. Ada kemungkinan bahwa fragmen DNA CVPDr tidak dapat berperan dengan baik memberi ketahanan terhadap penyakit CVPD, sehingga pada tanaman timbul ekspresi penyakit CVPD. Tujuan penelitian ini adalah (1) untuk mengkonfirmasi fragmen DNA CVPDr pada jenis tanaman jeruk keprok, jeruk siam, jeruk selayar, jeruk nipis, dan jeruk Bali yang merupakan jeruk rentan terhadap penyakit CVPD, (2) untuk mengetahui polimorfisme fragmen DNA CVPDr yang terdapat pada tanaman jeruk yang tahan atau toleran dan tanaman jeruk yang peka terhadap penyakit CVPD, (3) untuk mengetahui pohon filogenetik yang dihasilkan dari analisis polimorfisme fragmen DNA CVPDr (4) untuk mengetahui unsur hara apakah yang paling rendah pada tanaman yang terinfeksi penyakit CVPD dan bagaimana pengaruhnya terhadap kualitas buah yang dihasilkan. Hasil amplifikasi DNA dengan PCR menggunakan primer 16S rDNA menunjukkan bahwa dari 27 sampel tanaman jeruk yang dideteksi terdapat 25 sampel posisitf terserang patogen CVPD. Hasil lain menunjukkan 25 dari 27 sampel tanaman jeruk mengandung fragmen DNA CVPDr, pita DNA pada pasangan basa ukuran 841 bp. Berdasarkan hasil penelitian terdapat fragmen DNA CVPDr pada C. nobilis, C. reticulate var selayar, C. reticulate var keprok, C. amblycarpa, C. grandis, C. aurantifolia var. seedless, dan C. aurantifolia. Terjadinya polimorfisme pada gen, menunjukkan adanya beberapa perbedaan urutan DNA pada tanaman jeruk yang diambil sampelnya dengan spesies yang berbeda atau sama. Polimorfisme fragmen DNA CVPDr dan filogenetiknya dapat mengelompokkan jenis tanaman jeruk ke dalam kelompok yang tahan/relatif tahan, kelompok yang peka dan kelompok yang sangat peka terhadap penyakit CVPD. Fragmen DNA CVPDr terindikasi mempunyai peranan penting dalam ketahanan tanaman terhadap penyakit CVPD. Penyakit CVPD juga menyebabkan kekurangan unsur hara, menyebabkan kualitas buah menurun, warna buah menjadi kuning kehijauan, tekstur keras, rasa masam, dan kandungan vitamin C berada di bawah standar buah yang sehat.

File :
Cover , Lembar Pengesahan , Daftar Isi, Abstrak, BAB I , BAB II , BAB III , BAB IV , BAB V , Daftar Pustaka , Halaman belakang lainnya