ANALISIS STRUKTUR MOLEKUL PROTEIN cagA DAN HUBUNGANNYA DENGAN VIRULENSI Helicobacter pylori ISOLAT BALI DAN LOMBOK

Oleh : Prof. Dr. dr. I Dewa Nyoman Wibawa, Sp.PD-KGEH
dibuat pada : 2017
Fakultas/Jurusan : Fakultas Kedokteran/Spesialis Ilmu Penyakit Dalam

Kata Kunci :
Helicobacter pylori, Bali Lombok, cagA

Abstrak :
Ringkasan Infeksi Helicobacter pylori merupakan penyebab terpenting penyakit dispepsia, yang dapat berupa gastritis kronik, ulkus lambung, ulkus duodenum dan kanker lambung. Bakteri H. pylori mempunyai diversitas genetik yang paling tinggi dibandingkan dengan kuman lain. Keragaman genetik tersebut mencakup pula gen penyandi protein yang menjadi faktor virulensi paling utama H. pylori, yaitu protein CagA (cytotoxin-associated antigen). Dengan mempelajari keragaman genotipe cagA H. pylori isolat Bali dan Lombok, diharapkan dapat diperoleh informasi sebagai bahan untuk memproduksi kit diagnostik dan bahan vaksin H. pylori di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi daerah genom cagA H. pylori isolat Bali dan Lombok dan menentukan genotipe berdasarkan motif EPIYA cagA serta mengetahui hubungannya dengan kondisi patologi lambung. Rencananya sebanyak 40 isolat H. pylori dari penderita penyakit lambung baik gastritis, ulkus duodenum/lambung dan kanker lambung dilakukan pemeriksaan PCR cagA dengan menggunakan primer EPY1 5’ ATG GAA CCC TAG TCG GTA ATG G dan EPY2 5’ TGT GGC TGT TAG TAG CGT AAT T yang mengamplifikasi daerah 3’ yang mengandung sekuen repetitif EPIYA dari gen cagA. Reaksi amplifikasi dilakukan pada mesin iCycler (Biorad, USA). Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan kit FastStart (Roche, Germany) pada kondisi amplifikasi 94 oC 1 menit denaturasi, 55 oC 1 menit annealing dan 72 oC 1 menit ektensi, sebanyak 34 siklus. Produk amplifikasi dianalisis menggunakan elektroforesis pada 2 % gel agarosa dengan pengecatan ethidium bromida dan transiluminasi UV, serta disimpan menggunakan perangkat GelDoc (Biorad). DNA cagA yang diperoleh selanjutnya disekuensing yang dikerjakan secara alih daya di 1st BASE Malaysia. Berdasarkan hasil sekuensing kemudian dilakukan analisis homologi menggunakan software Bioedit dan MEGAv6. Pohon filogeni dibangun menggunakan algoritma maximum likelihood. Prediksi model protein dibuat dengan program online ExPASy. Berdasarkan hasil analisis filogenetik cagA H. pylori isolat Bali Lombok kaitannya dengan sifat virulensi dan kondisi patologi lambung maka akan didapat penanda molekuler yang bermanfaat dalam pembuatan vaksin dan alat deteksi infeksi H. pylori yang berpotensi menimbulkan radang dan keganasan